Εδώ παρουσιάζεται το μεγαλύτερο οικιστικό σύνολο κεραμικής του μουσείου που προέρχεται από τον Πρωτομινωικό ΙΙ οικισμό που ανασκάφηκε στην κορυφή του λόφου Φούρνου Κορυφή Μύρτου. Σε καθεμιά από τις 6 ή 7 συνεχόμενες οικίες του εντοπίστηκαν χώροι εργασίας, μαγειρεία, αποθήκες με μεγάλους πίθους, ενώ ένα από τα δωμάτια αναγνωρίστηκε ως εργαστήριο κεραμέα. Μεγάλοι πήλινοι ληνοί χρησιμοποιούνταν για την παραγωγή οίνου, λίθινοι τριπτήρες αποδεικνύουν την καλλιέργεια σιτηρών, μεγάλος αριθμός υφαντικών βαρών υποδεικνύει την ενασχόληση με την υφαντική.Σε ένα μικρό οικιακό ιερό με τρια δωμάτια και πολλά αγγεία βρέθηκε η γνωστή «Θεά της Μύρτου», ένα μοναδικό σπονδικό αγγείο με μορφή γυναίκας. Ο οικισμός εγκαταλείφθηκε μετά την καταστροφή του από πυρκαγιά στο τέλος της Πρωτομινωικής ΙΙ περιόδου.

Η ενότητα αυτή παρουσιάζει το ανάκτορο της Ζάκρου, στο ανατολικότερο άκρο της Κρήτης, που ιδρύεται γύρω στα 1900 π.Χ. και επανοικοδομείται στα 1600 π.Χ. περίπου. Η θέση του το κατέστησε σημαντικό κέντρο εμπορικών ανταλλαγών με την Ανατολή και πύλη εισόδου στην Κρήτη πρώτων υλών, τέχνεργων και νέων ιδεών.
Ο αρχιτεκτονικός σχεδιασμός του παρουσιάζει στενή συγγένεια με τα άλλα τρία ανάκτορα. Καρδιά του συγκροτήματος ήταν η κεντρική αυλή, από όπου ξεκινούσε δρόμος που κατέληγε στο λιμάνι. Γύρω από αυτή διατάσσονται μαγειρεία, εργαστήρια, αποθήκες, θησαυροφυλάκιο, αρχείο, δεξαμενή καθαρμών, αίθουσες τελετουργιών και συμποσίων και τα λεγόμενα βασιλικά διαμερίσματα.
Η αιφνίδια καταστροφή του στα τέλη της Νεοανακτορικής περιόδου και το γεγονός ότι δεν συλήθηκε ποτέ, το κατέστησαν μοναδικό ως προς το εύρος και την ποσότητα των αντικειμένων που βρέθηκαν in situ.